一是农业建设用地指标匮乏。农业产业规划还缺乏刚性，相关产业用地尚未纳入乡镇总规或新市镇规划或郊野单元（村庄）规划，产业用地具体操作路径还不明确。在休闲农业发展上，受限于全市建设用地指标总量控制，现有政策中每年5%建设用地用以支持产业发展，但很难用于农业发展领域，主要原因是农村产业发展用地的直接经济效益低，各区供地积极性不高，乡村规划不够等。

二是设施农用地供给不足、管理弹性不够。一方面农业产业发展需要仓库、场地及管理用房等；另一方面，栽培模式的创新发展和智能化设施装备的广泛应用也需要硬化部分土地，但设施农用地供给相对不足。以花卉生产为例，上海花卉产业前途光明，现代化花卉生产需要硬化土地，但现有农业用地政策不准硬化，而设施农用地备案指标有限，严重制约了花卉产业旺盛发展。

三是高标准生产基地建设缺乏积极性。土地流转承包后，高标准生产基地建设的相关土地政策不稳定，相应的配套政策和约束机制也不到位，给经营者投入与生产带来风险，导致签订长期流转合同的意愿普遍不强，也影响了新增高标准生产基地建设的投资。